Está organizado en función del criterio de centralización de las políticas y normas, que consiste en que la Dirección General de Contrataciones Públicas, en su calidad de Órgano Rector del sistema, tiene la responsabilidad de emitir las políticas, normas y procedimientos que lo regulan; y el criterio de descentralización de la gestión operativa, referente a que las instituciones son las responsables de la ejecución de sus procedimientos de contratación pública desde la planificación hasta la gestión y cierre contractual.